Prvé známe archeologické nálezy na Spiši pochádzajú zo 17. stor. a spájajú sa s Kežmarčanom Dávidom Frölichom. Ďalšie významné nálezy pochádzajú z 18. stor. (správy o nálezoch zlatého drôtu, ktorý sa mal nájsť v roku 1772 v Spišskej Teplici).
V polovici 19. stor. vydáva archeologická komisia Uhorskej akadémie vied sprievodcu umeleckými starožitnosťami, v ktorom spomína praveké nálezy z Popradu (zlatá niť zo Spišskej Teplice). Medzi významných amatérskych archeológov 19. stor. patria Samuel Weber, Alexander Münich, Dr. Samuel Roth, Dr. Michal Greisiger. Samuel Weber spomína niekoľko nálezov náhodne objavených občanmi Spišskej Belej. Uvádza, že v roku 1830 bolo nájdené veľké množstvo bronzovej suroviny. Vyvrcholením snáh o zachovanie súkromných zbierok bolo založenie múzea v správe Uhorského karpatského spolku, neskôr Karpatského múzea v Poprade a Tatranského múzea v správe Velickej muzeálnej spoločnosti vo Veľkej a tiež múzea v Levoči. V druhej polovici 19. stor. nastáva rozvoj bádania histórie (začínajú sa výskumy po stopách pravekého človeka).
V roku 1879 uskutočnil revízny výskum v jaskyni Axamitka vo veľkej Ružínskej jaskyni Dr. Samuel Roth, ktorý bol prvým kustódom archeologických zbierok v Karpatskom múzeu v Poprade a zakladateľom speleoarcheológie. V roku 1884 uskutočnil výskum na tzv. Popradskom hrade – Zámčisko pri Kvetnici, učiteľ Alexander Münich a tiež výskum v okolí Machalovského hradiska (Jánovce), kde našiel prehistorickú hutnícku pec. V roku 1893 vykonal výskum Žltej steny vo Vysokých Tatrách Dr. Michal Greisiger.
Spomínaný bádateľ urobil neoceniteľnú prácu v Gánovciach kde počas ťažby travertínu, ktorá sa začala v roku 1870, odkupoval rôzne paleontologické a archeologické nálezy. V roku 1880 začal archeologický výskum na sídlisku Burchbrich pri Veľkej Lomnici – dnešný cintorín. V roku 1883 Ignác Spöttl akademický maliar a prispievateľ archeologických zbierok, opisuje nález 8 bronzových mečov na Krompecherovom poli vo Veľkej. S menom Vojtecha Hajtsa, vedúcim archeologického oddelenia v Karpatskom múzeu sa spája snaha bojovať proti súkromným archeologickým zbierkam. Obzvlášť bohaté na archeologické dary boli roky 1888 a 1889. Do múzea sa dostali zvyšky hutnej pece a črepy z Machaloviec od Leopolda Záhorského, kosti z Gánoviec od plk. Otta Kleina. Múzeum kúpilo 1650 prehistorických predmetov od Alexandra Münicha a zbierky boli doplnené o nálezy z Jeruzalemského vrchu (Kežmarok) od Martina Rotha. Aj v dôsledku vojnových udalostí sa do súčasnosti zachovalo iba málo zo spomínaných nálezov. Ďalší rozmach systematického archeologického bádania nastáva po druhej svetovej vojne. Úspešná spolupráca po roku 1961 s katedrou archeológie FF UK v Bratislave znamenala preskúmanie mnohých lokalít pod vedením prof. PhDr. B. Novotného, CSc. a prof. PhDr. M. Novotnej, DrSc. (Veľká Lomnica – Burchbrich, Gánovce – Za stodolami, Veľký Slavkov – Burich a iné). V posledných rokoch sa múzeum zameralo na záchranné archeologické výskumy. Najvýznamnejší z nich bol objav kniežacej hrobky z Popradu – Matejoviec v roku 2005, pri výstavbe priemyselného parku v Poprade – Matejovciach. Samotná hrobka spadá do obdobia 4 až 5 storočia nášho letopočtu. V ostatnom období sa prehĺbila spolupráca s múzeom v Kežmarku, čoho výsledkom boli spoločné záchranné archeologické výskumy (Levoča rekonštrukcia námestia I. etapa, Lendak – Nový kostol). Zbierkový fond archeológie obsahuje rôzne zbierkové predmety, pričom najstaršie majú niekoľko desiatok tisíc rokov (stredopaleolitické pracovné nástroje z Gánoviec - Hrádku). Unikátna je aj keltská prilba Mannheimského typu, najvýchodnejší nález tohto typu v Európe. Zbierka obsahuje aj niekoľko depotov (pokladov) z doby bronzovej (Poprad – Veľká, Nová Lesná, Švedlár) a iných vzácnych predmetov. Archeologický zbierkový fond Podtatranského múzea v Poprade odhaľuje bohatú minulosť nášho regiónu na ktorú sme právom hrdí.