Prvé známe archeologické nálezy na Spiši pochádzajú zo 17. stor. a spájajú sa s Kežmarčanom Dávidom Frölichom. Ďalšie významné nálezy pochádzajú z 18. stor. (správy o nálezoch zlatého drôtu, ktorý sa mal nájsť v roku 1772 v Spišskej Teplici).

Etnografický fond Podtatranského múzea v Poprade je zastúpený zbierkovými predmetmi prezentujúcimi hmotné a nehmotné prvky ľudovej kultúry. Jeho úlohou je dokumentovať regióny v okrese Poprad a taktiež zachytiť formu prelínania a vzájomného ovplyvňovania kultúr týchto oblastí.

Z medzivojnového, povojnového a súčasného akvizičného úsilia pribudli hlavne zbierky dokumentujúce hospodársky, kultúrny a spoločensko-politický život okresu a mesta Poprad. Zastúpené sú písomné materiály, dokumenty, plagáty, fotografie, pohľadnice, ale aj výrobky niektorých najvýznamnejších priemyselných podnikov (papiereň, továreň na výrobu smaltovaného tovaru C. A. Scholtz, neskôr Tatrasmalt, Tatramat v Matejovciach, pivovar, Tatravagónka, Chemosvit Svit a ďalšie podniky).

Zbierkový fond numizmatiky v Podtatranskom múzeu v Poprade patrí medzi najstaršie systematicky budované fondy našej inštitúcie. Zbierka sa začala vytvárať prakticky ihneď po založení bývalého Karpatského múzea, keď už v roku 1881 máme zaznamenaný veľký anonymný dar rímskych mincí.

Prírodovedné zbierky múzea sú prevažne dedičstvom bývalého Karpatského múzea v Poprade a Tatranského múzea vo Veľkej. Po druhej svetovej vojne došlo k spojeniu prírodovedných zbierok týchto dvoch múzeí do jednej prírodovednej zbierky Tatranského múzea okresu Popradského v Poprade.

Podtatranské múzeum v Poprade už od svojich počiatkov sústreďovalo predmety umeleckej hodnoty. Počas dlhoročnej existencie získalo do svojich zbierok množstvo predmetov profesionálnych i neprofesionálnych umelcov, predmety umeleckého, remeselného či dokumentárneho charakteru.